1997年，南京江寧第一家上元藥店開業。隨著業務的不斷擴大，南京上元堂制藥有限公司于2002年正式成立，進入企業管理。2014年7月31日，上元堂成功上市，成為江寧區第一家本地上市公司。

上元堂總部位于南京古城江寧，風景優美，人杰地靈，文化歷史深厚，全年通過國家GSP認證是集經營沉香制品、藥品、保健食品、中藥飲片配方、醫療器械等為一體的股份制企業。目前公司注冊執業藥師43人，經營(中)藥師120余人。藥師及以上職稱占店鋪總數的70%以上，各店執業藥師數量遠遠超過行業平均水平。

作為中醫文化的傳承者，南京上元堂創始人楊念明先生知道，沉香不僅為中醫文化做出了巨大貢獻，而且在中國香文化中發揮著重要作用。楊念明先生致力于研究沉香十多年，參觀廣東、云南、海南、臺灣、越南、柬埔寨等地，收集了許多稀有的沉香，最后在21世紀的第一個十年，隆重推出了華東最大的上元堂沉香博物館，博物館的沉香珍品，優雅的香氣清新。楊念明先生帶領上元堂全體員工，決心繼承中國沉香文化3000多年，讓更多的人了解沉香，愛沉香，通過香文化，培養道德，傳達友誼，繼承和發揚悠久的中國香文化，復興沉香文化事業，為石城人民帶來時尚健康的生活理念。未來，公司將沉香文化融入上元堂品牌，形成上元堂獨特的品牌特色。

經過多年的誠信管理，在創始人楊念明先生的領導下，公司以上元堂藥店成為全國一流的醫藥零售連鎖品牌企業為目標，以質量是企業生存的基礎，質量是企業發展的保證為企業基石 智慧經營 達善社會的經營理念與時俱進，努力為廣大人民群眾提供優質的產品和真誠、專業的服務。公司擁有28家門店，10000家特色沉香館㎡電子商務部和特色中醫門診部。

2014年7月，上元堂在全國中小企業股份轉讓系統成功上市，進入新的跨越式發展階段。